Organigrama subiectelor de studiu. În total, 204 subiecți au fost randomizați. 142 de subiecți au fost incluși în analiza scaunelor. 7 subiecți au fost excluși din cauza terapiei cu antibiotice. În total, probele de scaun de la 135 de subiecți studiați au fost incluse în evaluarea statistică. CH: restricție de carbohidrați; F: restricție de grăsime; Comb: restricție combinată de carbohidrați și grăsimi.

Diversitatea alfa din eșantion a scaunului fiecărui subiect colectat la sfârșitul fiecărei faze de dietă. Calculul diversității alfa pentru fiecare probă (albastru: dieta cu nuci, roșu: dieta de control) pentru evaluarea bogăției și diversității speciilor, utilizând indicii eficienți Shannon și Simpsons. Diversitatea unui profil microbian pentru un anumit indice este numărul de specii diferite legate de abundență și bogăție.

(a) Beta-diversitate între nucă și dieta de control. A fost observată o grupare distinctă între nucă și dieta de control. Prin utilizarea distanțelor generalizate UniFrac, luând în considerare distanța filogenetică dintre unitățile taxonomice operaționale, graficul MDS indică diferențe semnificative de aproximativ 5% între nuc și martor (p = 0,02). Matricea de distanță multidimensională într-un spațiu de două dimensiuni este vizualizată ca grafic MDS. Gruparea și colorarea subiectului s-au făcut în funcție de tipul dietei. Fiecare capăt de punct indică o poziție a eșantionului în setul de date microbiote (albastru: dieta cu nuci, roșu: dieta de control). (b) Diversitatea beta între trei tipuri de diete diferite în timpul consumului de nuci. A fost observată o grupare distinctă între diete. Prin utilizarea distanțelor generalizate UniFrac, luând în considerare distanța filogenetică între unitățile taxonomice operaționale, graficul MDS indică diferențe semnificative de aproximativ 5% între diferitele diete (p = 0,026). Matricea de distanță multidimensională într-un spațiu de două dimensiuni este vizualizată ca grafic MDS. Gruparea și colorarea subiectului s-au făcut în funcție de tipul dietei. Fiecare capăt de punct indică o poziție a eșantionului în setul de date microbiote (roșu: d_1: restricție de carbohidrați; verde: d_2: restricție de grăsime; albastru: d_3: ambele).

(a) Abundența relativă a celor 4 filuri bacteriene dominante între nucă și dieta de control. Consumul de nuc a mutat filul predominant de la Firmicutes (61,2% după consumul de nucă vs 63,9% după control) la Bacteroidetes (30,8% vs. 27,4%). Abundența relativă a fost calculată din abundența relativă a secvențelor genei 16S rRNA pentru fiecare comunitate bacteriană utilizând platforma IMNGS. (b) Cele mai abundente unități taxonomice operaționale atât pentru nucă, cât și pentru faza de control la nivel de gen. OTU-uri diferite semnificative sunt marcate cu utilizarea valorilor * și p. Valorile p au fost calculate utilizând un test Fisher pereche.

Abstract

text

Organigrama subiectelor de studiu. În total, 204 subiecți au fost randomizați. 142 de subiecți au fost incluși în analiza scaunelor. 7 subiecți au fost excluși din cauza terapiei cu antibiotice. În total, probele de scaun de la 135 de subiecți studiați au fost incluse în evaluarea statistică. CH: restricție de carbohidrați; F: restricție de grăsime; Comb: restricție combinată de carbohidrați și grăsimi.

Diversitatea alfa din eșantion a scaunului fiecărui subiect colectat la sfârșitul fiecărei faze a dietei. Calculul diversității alfa pentru fiecare probă (albastru: dieta cu nuci, roșu: dieta de control) pentru evaluarea bogăției și diversității speciilor, utilizând indicii eficienți Shannon și Simpsons. Diversitatea unui profil microbian pentru un anumit indice este numărul de specii diferite legate de abundență și bogăție.

(a) Beta-diversitate între nucă și dieta de control. A fost observată o grupare distinctă între nucă și dieta de control. Prin utilizarea distanțelor generalizate UniFrac, luând în considerare distanța filogenetică dintre unitățile taxonomice operaționale, graficul MDS indică diferențe semnificative de aproximativ 5% între nuc și martor (p = 0,02). Matricea de distanță multidimensională într-un spațiu de două dimensiuni este vizualizată ca grafic MDS. Gruparea și colorarea subiectului s-au făcut în funcție de tipul dietei. Fiecare capăt de punct indică o poziție a eșantionului în setul de date microbiote (albastru: dieta cu nucă, roșu: dieta de control). (b) Diversitatea beta între trei tipuri de diete diferite în timpul consumului de nuci. A fost observată o grupare distinctă între diete. Prin utilizarea distanțelor generalizate UniFrac, luând în considerare distanța filogenetică între unitățile taxonomice operaționale, graficul MDS indică diferențe semnificative de aproximativ 5% între diferitele diete (p = 0,026). Matricea de distanță multidimensională într-un spațiu de două dimensiuni este vizualizată ca grafic MDS. Gruparea și colorarea subiectului s-au făcut în funcție de tipul dietei. Fiecare capăt de punct indică o poziție a eșantionului în setul de date microbiote (roșu: d_1: restricție de carbohidrați; verde: d_2: restricție de grăsime; albastru: d_3: ambele).

(a) Abundența relativă a celor 4 filuri bacteriene dominante între nucă și dieta de control. Consumul de nuc a mutat filul predominant de la Firmicutes (61,2% după consumul de nucă vs. 63,9% după control) la Bacteroidetes (30,8% vs. 27,4%). Abundența relativă a fost calculată din abundența relativă a secvențelor genei 16S rRNA pentru fiecare comunitate bacteriană utilizând platforma IMNGS. (b) Cele mai abundente unități taxonomice operaționale atât pentru nucă, cât și pentru faza de control la nivel de gen. OTU-uri diferite semnificative sunt marcate cu utilizarea valorilor * și p. Valorile p au fost calculate utilizând un test Fisher pereche.