Anunț de eliberare a datelor și apel pentru participare

n2c2

Al doilea i2b2 Shared-Task și Workshop
Provocări în procesarea limbajului natural pentru datele clinice
Provocarea obezității (o sarcină comună privind obezitatea): cine este obez și ce comorbidități au (cu siguranță/probabil)?

Comunicat de date: 15 martie 2008

Evaluare: 23-25 ​​iunie 2008

Trimiterea lucrării: 1 septembrie 2008

Atelier: 7 noiembrie 2008 la Washington, DC

Organizator: Informatică pentru integrarea biologiei și a noptierei, i2b2, un centru național de calcul biomedical

Provocarea obezității este o sarcină de clasificare multi-clasă, cu etichete multiple, axată pe obezitate și comorbiditățile acesteia. Datele pentru provocare constau în rezumate de descărcare de gestiune de la Partners Healthcare. Toate înregistrările au fost complet dezidentificate. Informațiile privind obezitatea și comorbiditățile au fost marcate la nivel de document ca prezente, absente, discutabile sau nemenționate în documente. Pentru fiecare pacient, sunt furnizate atât judecăți textuale, adică ceea ce textul afirmă în mod explicit despre obezitate și comorbidități, cât și judecăți intuitive, adică ceea ce implică textul despre obezitate și comorbidități. Scopul provocării este de a evalua sistemele în ceea ce privește capacitatea lor de a recunoaște dacă un pacient este obez și ce co-morbidități prezintă.

Provocarea s-a deschis preînregistrării la 1 februarie 2008. Datele de instruire pentru provocare vor fi publicate în rate; prima tranșă va fi lansată pe 15 martie 2008. Restul tranșelor vor urma imediat după aceea. Datele de testare sunt programate să fie publicate pentru doar trei zile și vor fi utilizate numai în scopuri de evaluare. Rezultatele provocării vor fi prezentate la atelierul organizat de i2b2.

Datele pentru provocarea obezității vor fi publicate în temeiul unui acord de utilizare a datelor și vor fi utilizate numai pentru provocare. Obținerea datelor necesită finalizarea unei preînregistrări și semnarea Acordului de utilizare a datelor.

Date de evaluare, formate de fișiere și valori de evaluare.

Evaluarea provocării obezității va fi pe datele testului. Echipelor participante li se cere să oprească dezvoltarea imediat ce descarcă datele de testare. Fiecărei echipe i se permite să încarce (prin acest site) până la trei rulări de sistem. Ieșirea sistemului este așteptată sub forma unor adnotări de separare, urmând formatul exact al adnotărilor adevărului de la sol furnizate de i2b2. Precizia, rechemarea și măsurarea f vor fi utilizate ca metrici de evaluare.

Participanții au fost rugați să trimită o scurtă lucrare care să descrie sistemul lor și să-și analizeze performanța. Lucrările trebuie să fie în stil AMIA și nu trebuie să depășească cinci pagini. Autorii de sisteme performante și de abordări deosebit de noi vor fi invitați să prezinte sau să demonstreze sistemele lor la atelier.

Program provizoriu:
1 februarie 2008 Deschidere preregistrare
15 martie 2008 Lansarea datelor de instruire
15 aprilie 2008 Angajamentul de a participa la provocare
23 iunie 2008 Eliberarea datelor de testare la ora 9:00 EST
25 iunie 2008 Produs scadent la miezul nopții EST
1 august 2008 Notificarea rezultatelor către fiecare participant
1 septembrie 2008 Lucrări scurte scadente
1 octombrie 2008 Invitații de prezentare la atelier
7 noiembrie 2008 Atelier

Comitet de organizare:
Ozlem Uzuner, președinte, SUNY la Albany
Universitatea Tehnică din Orientul Mijlociu Campusul Ciprului de Nord
Peter Szolovits, MIT CSAIL
Isaac Kohane, Partners Healthcare