Scorul adnotării: 2 din 5
Scorul de adnotare oferă o măsură euristică a conținutului de adnotare al unei intrări sau proteome UniProtKB. Acest scor nu poti să fie utilizat ca o măsură a acurateței adnotării, deoarece nu putem defini „adnotarea corectă” pentru nicio proteină dată.
- Dovezi experimentale la nivelul transcrierii i
Acest lucru indică tipul de dovezi care susține existența proteinei. Rețineți că dovada „existenței proteinelor” nu oferă informații cu privire la acuratețea sau corectitudinea secvențelor afișate.
Selectați o secțiune din stânga pentru a vedea conținutul.
Această secțiune oferă orice informații utile despre proteine, în principal cunoștințe biologice.
Informații care au fost generate de sistemul automat de adnotare UniProtKB, fără validare manuală.
Afirmare automată conform regulilor i
Proiectul Gene Ontology (GO) oferă un set de vocabular controlat ierarhic împărțit în 3 categorii:
GO - Funcția moleculară i
Această secțiune oferă informații despre numele și sinonimele (proteinele) și genele și despre organismul care este sursa secvenței de proteine.
Nume și taxonomie i
Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie oferă o listă exhaustivă a tuturor denumirilor proteinelor, de la cele utilizate în mod obișnuit până la învechire, pentru a permite identificarea fără echivoc a unei proteine.
Afirmare automată conform regulilor i
Afirmare automată conform regulilor i
Afirmare automată conform regulilor i
Afirmare automată conform regulilor i
Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie indică numele (numele) genei care codifică secvența (secvențele) de proteine descrise în intrare. Există patru jetoane distincte: „Nume”, „Sinonime”, „Nume de locus ordonat” și „Nume ORF”.
Informații care au fost importate dintr-o altă bază de date folosind proceduri automate.
Afirmație automată dedusă din intrările bazei de date i
Afirmație automată dedusă din intrările bazei de date i
Afirmație automată dedusă din intrările bazei de date i
Afirmație automată dedusă din intrările bazei de date i
Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie oferă informații cu privire la numele (numele) organismului care este sursa secvenței de proteine.
Afirmație automată dedusă din intrările bazei de date i
Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie arată identificatorul unic atribuit de NCBI organismului sursă al proteinei. Acesta este cunoscut sub numele de „identificator taxonomic” sau „taxid”.
Această subsecțiune a secțiunii Numele și taxonomia conține linia de clasificare ierarhică taxonomică a organismului sursă. Acesta listează nodurile așa cum apar de sus în jos în arborele taxonomic, cu gruparea mai generală listată mai întâi.
Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie este prezentă pentru intrările care fac parte dintr-un proteom, adică a unui set de proteine considerate a fi exprimate de organisme ale căror genomi au fost complet secvențați.
Un proteom UniProt poate consta din mai multe componente.
Numele componentei se referă la componenta genomică care codifică un set de proteine.
Baze de date specifice organismelor
Xenopus laevis și tropicalis resursă de biologie și genomică
Această secțiune oferă informații despre localizarea și topologia proteinei mature din celulă.
Localizarea subcelulară i
Regiune extracelulară sau secretată
Afirmație computerizată automată
Grafică de Christian Stolte și Seán O'Donoghue; Sursă:
Regiune extracelulară sau secretată
Afirmare automată conform regulilor i
Afirmare automată conform regulilor i
Regiune extracelulară sau secretată
Cuvintele cheie UniProtKB constituie un vocabular controlat cu o structură ierarhică. Cuvintele cheie rezumă conținutul unei intrări UniProtKB și facilitează căutarea proteinelor de interes.
Cuvinte cheie - Componenta celulară i
Afirmare automată conform regulilor i
Această secțiune descrie modificările post-traducere (PTM) și/sau evenimentele de procesare.
PTM/Procesare i
Prelucrarea moleculelor
Această subsecțiune a secțiunii „PTM/Procesare” denotă prezența unui peptid semnal N-terminal.
Afirmare automată conform analizei secvenței i
Această subsecțiune a secțiunii „PTM/Prelucrare” descrie întinderea unui lanț polipeptidic în proteina matură după procesare sau scindare proteolitică.
Afirmare automată conform analizei secvenței i
Modificări ale aminoacizilor
Această subsecțiune a secțiunii PTM/Procesare ":/help/ptm_processing_section descrie pozițiile reziduurilor de cisteină care participă la legături disulfurice.
Afirmare automată conform regulilor i
Cuvinte cheie - PTM i
Afirmare automată conform regulilor i
Această secțiune oferă informații cu privire la structura cuaternară a unei proteine și la interacțiunile cu alte proteine sau complexe proteice.
GO - Funcția moleculară i
Această secțiune oferă informații cu privire la structura terțiară și secundară a unei proteine.
Baze de date cu structură 3D
Depozitul SWISS-MODEL - o bază de date cu modele de structuri proteice 3D adnotate
Baza de date a modelelor comparative de structuri proteice
Această secțiune oferă informații despre asemănările secvenței cu alte proteine și domeniul (domeniile) prezent (e) într-o proteină.
Familia și domeniile i
Această subsecțiune a secțiunii „Familia și domeniile” oferă informații despre similaritatea secvenței cu alte proteine.
Asemănări secvențiale i
Afirmare automată conform regulilor i
Afirmare automată conform regulilor i
Cuvinte cheie - Domeniul i
Afirmare automată conform analizei secvenței i
Baze de date filogenomice
Identificarea ortologilor din datele complete ale genomului
Baza de date a grupurilor ortologice
Baze de date familiale și de domenii
Resursă integrată de familii de proteine, domenii și site-uri funcționale
Sistemul de clasificare PANTHER
Baza de date a domeniului proteinei Pfam
PIRSF; o bază de date de clasificare a proteinelor întregi
Baza de date a amprentelor cu motive proteice; o bază de date de domeniu proteic
Baza de date a superfamiliei de adnotări structurale și funcționale
Această secțiune afișează în mod implicit secvența canonică de proteine și la cerere toate izoformele descrise în intrare. De asemenea, include informații relevante pentru secvență (e), inclusiv lungimea și greutatea moleculară. Informațiile sunt înregistrate în diferite subsecțiuni. Subsecțiunile actuale și conținutul acestora sunt enumerate mai jos:
Această subsecțiune a secțiunii Secvență indică dacă secvența canonică afișată implicit în intrare este completă sau nu.
Starea secvenței i: Complet.
Suma de control este o formă de verificare a redundanței care este calculată din secvență. Este util pentru urmărirea actualizărilor secvenței.
Trebuie remarcat faptul că, deși, în teorie, două secvențe diferite ar putea avea aceeași valoare a sumei de control, probabilitatea ca acest lucru să se întâmple este extrem de scăzută.
Cu toate acestea, UniProtKB poate conține intrări cu secvențe identice în cazul mai multor gene (paralogi).
Suma de control este calculată ca secvență 64-bit Cyclic Redundancy Check value (CRC64) folosind polinomul generatorului: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Algoritmul este descris în standardul ISO 3309.
Presă W.H., Flannery BP, Teukolsky S.A. și Vetterling W.T.
Redundanță ciclică și alte sume de control
Rețete numerice în ediția a II-a C, Pp896-902, Cambridge University Press (1993))
Suma de verificare: și C4FDBBF6069E59E6
Baze de date secvențiale
Baza de date a secvențelor de nucleotide EMBL
Baza de date de secvențe de nucleotide GenBank
DNA Data Bank din Japonia; o bază de date de secvențe de nucleotide
Secvențe de referință NCBI
Baze de date de adnotare a genomului
Baza de date a genelor din genomurile NCBI RefSeq
KEGG: Enciclopedia Kyoto a genelor și genomilor
Această secțiune oferă legături către proteine similare cu secvența (secvențele) de proteine descrise în această intrare la diferite niveluri ale pragurilor de identitate a secvenței (100%, 90% și 50%) pe baza apartenenței lor la clusterele de referință UniProt (UniRef).
Proteine similare i
Această secțiune este utilizată pentru a indica informații legate de intrări și găsite în colecții de date, altele decât UniProtKB.
Baze de date secvențiale
Baze de date cu structură 3D
Baze de date de adnotare a genomului
Baze de date specifice organismelor
Baza de date comparativă de toxicogenomică
Baze de date filogenomice
Baze de date familiale și de domenii
ProtoNet; Clasificarea ierarhică automată a proteinelor
MobiDB: o bază de date cu tulburări de proteine și adnotări de mobilitate
Această secțiune oferă informații generale despre intrare.
Informații de intrare i
Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” oferă un identificator mnemonic pentru o intrare UniProtKB, dar nu este un identificator stabil. Fiecărei intrări revizuite i se atribuie un nume de intrare unic la integrarea în UniProtKB/Swiss-Prot.
Această subsecțiune a secțiunii „Informații de intrare” furnizează unul sau mai multe numere de acces. Aceștia sunt identificatori stabili și ar trebui folosiți pentru a citi intrările UniProtKB. După integrarea în UniProtKB, fiecărei intrări i se atribuie un număr unic de accesare, numit „număr de accesare primar (citabil)”.
Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” arată data integrării intrării în UniProtKB, data ultimei actualizări a secvenței și data ultimei modificări de adnotare („Ultima modificare”). De asemenea, sunt afișate numărul versiunii atât pentru intrare, cât și pentru secvența canonică.
Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” indică dacă intrarea a fost adnotată manual și revizuită de curatorii UniProtKB sau nu, cu alte cuvinte, dacă intrarea aparține secțiunii Swiss-Prot din UniProtKB (revizuit) sau la secțiunea TrEMBL adnotată de computer (nerecomandat).
Această secțiune conține orice informații relevante care nu se încadrează în alte secțiuni definite
Cuvinte cheie - Termen tehnic i
Afirmație automată dedusă din intrările bazei de date i
Instrumente
Date de bază
Date suport
- Citări de literatură
- Taxonomie
- Cuvinte cheie
- Locații subcelulare
- Baze de date cu referințe încrucișate
- Boli
informație
- Despre UniProt
- Ajutor
- FAQ
- Manual UniProtKB
- Colț tehnic
- Biocurarea expertă
UniProt este o resursă de bază ELIXIR
Dorim să vă informăm că ne-am actualizat Notificarea de confidențialitate pentru a respecta noul Regulament general privind protecția datelor (GDPR) din Europa care se aplică începând cu 25 mai 2018.
- Asocierea astmului, a alergiilor nazale și a testelor pozitive de înțepare a pielii cu obezitate, leptină și
- Axa paratiroidiană a leptinei SpringerLink
- Relația dintre nivelurile de leptină și noradrenalină în timpul OGTT în normotensivă și
- Peptida asociată cu obezitatea Leptina induce hipertrofia la miocitele ventriculare neonatale de șobolan
- Întreruperea țintită a receptorului histaminei H1 atenuează efectele de reglementare ale leptinei asupra hrănirii,