Editat de Susan Gottesman, National Institutes of Health, Bethesda, MD și aprobat pe 20 august 2003

lizinei

L genele de biosinteză lizină cutie. (A) Calea biosintezei lizinei în B. subtilis. Genele care conțin lideri de cutie L în orice organism sunt etichetate (vezi Tabelul 2, care este publicat ca informații de sprijin pe site-ul web PNAS, www.pnas.org), iar produsul enzimatic corespunzător este prezentat între paranteze. Trei gene care codifică aspartokinaza au fost identificate în B. subtilis; lysC codifică aspartokinaza II, forma receptivă la enzină a lizinei. Rolurile alternative ale compușilor în această cale sunt prezentate cu săgeți punctate. (B) Structuri ale lizinei și compușilor înrudiți.

Modelul structural al liderului lysC B. subtilis. Numerotarea este relativă la punctul de început al transcrierii (10). Helicile 1-5 sunt etichetate cu numere în cutie. T, terminator; AT, antiterminator; AAT, anti-antiterminator. Antiterminatorul se formează prin împerecherea reziduurilor din pozițiile 191-217 cu reziduurile din pozițiile 223-255. Reziduurile roșii se găsesc în 100% din secvențe, iar resturile albastre se găsesc în> 80% din secvențe (Fig. 5); reziduurile verzi și liniile întrerupte prezintă o posibilă interacțiune terțiară între buclele helicilor 2 și 3. Literele minuscule goale indică mutațiile arătate anterior pentru a provoca rezistență la AEC și/sau la expresia lysC constitutivă (ref. 9 și 10 și H. Paulus, comunicare personală ). Mutațiile construite în acest studiu (Xba-1, Xba-2, Xba-3) sunt etichetate cu litere mici minuscule. Modificările secvenței la mutanți sunt: ​​Xba-1, A31U/A32C/G33U/U35G; Xba-2, G108U/C110U/G111A/A112G; Xba-3, A198C/C200A/U201G/C202A. Elementele putative ale virajului S și ale GA sunt etichetate.

Transcrierea in vitro a B. subtilis lysC. Săgețile arată pozițiile transcrierilor read-through (RT) și terminate (T). Procentul de terminare (% T) este afișat în partea de jos a fiecărei benzi. Șabloanele de ADN (lysC sau ykrW) au fost transcrise cu B. subtilis RNAP. (A) Încetarea transcripției dependentă de lizină. Lizină (lys), DAP, AEC și SAM au fost adăugate la 3 mM. (B) Transcriere in vitro a șabloanelor lysC mutante. S-a adăugat lizină la 3 mM (+). WT, WT lysC; Mutație Xba-1, Xba-1; Mutație Xba-2, Xba-2; Mutație Xba-3, Xba-3; Xba-1/3, Xba-1 și Xba-3 dublu mutant. Mutațiile sunt prezentate în Fig. 2.

Tranziția structurală dependentă de lizină în ARN-ul lysC. (A) Model structural al liderului lysC B. subtilis în conformațiile read-through (-lizină) și terminare (+ lizină). Sunt prezentate pozițiile de împerechere a oligonucleotidelor antisens a și b, pozițiile mutațiilor Xba-1 și Xba-2 (Fig. 2) și punctele finale ale produselor de transcripție. (B) Oligonucleotidă antisens clivare RNase H direcționată a transcriptelor care conțin secvențe lysC de la +17 la +228 (transcript 211-nt, conținând partea 5 'a antiterminatorului, dar nu și partea 3'). Transcrierea a fost în prezența (+) sau absența (-) lizinei (3 mM). Săgețile indică produsele de scindare RNază H, care au fost observate numai când s-a adăugat oligonucleotida. (C) Oligonucleotidă antisens direcționată cu b RNaza H clivarea transcriptelor care conțin secvențe lysC de la +17 la +253 (transcript 236-nt, conținând întregul antiterminator, dar lipsit de partea 3 'a terminatorului). Săgețile indică produsele de scindare RNază H, care au fost observate numai când s-a adăugat oligonucleotida.