Abstract-

Tehnici genetice moleculare (FISH și metabarcoding) au fost folosite pentru a investiga biodiversitatea comparativă în complexul procariot al microcosmosului solului din solurile de pădure gri, castane și cernoziom înainte și după poluarea cu petrol. La nivelul unităților taxonomice de rang înalt, structura comunităților procariote din diferite tipuri de sol a fost similară. În microcosmosele poluate de petrol diversitatea microbiană a scăzut, iar dominanții activi din punct de vedere metbolic ai Bacterii și Archaea domeniile s-au schimbat în comparație cu probele de control. Sa constatat că un complex bacterian specific a apărut în probe experimentale de toate tipurile de sol, cu o predominanță a Gammaproteobacterii și Actinobacterii, precum și a arheilor, printre care Thaumarchaeota și Crenarchaeota a predominat. Au fost determinați membrii complexului procariot din sol, activi și inactivi în ceea ce privește poluarea cu petrol. Rezultatele noastre indică răspunsuri similare de succesiune a comunităților microbiene de la diferite tipuri de sol la poluarea cu petrol.

Aceasta este o previzualizare a conținutului abonamentului, conectați-vă pentru a verifica accesul.

Opțiuni de acces

Cumpărați un singur articol

Acces instant la PDF-ul complet al articolului.

Calculul impozitului va fi finalizat în timpul plății.

filogenetică

REFERINȚE

Amann, R.I., Krunholz, L. și Stahl, D.A., sondare fluorescentă-oligonucleotidică a celulelor întregi pentru studii determinante, filogenetice și de mediu în microbiologie, J. Bacteriol., 1990, vol. 172, pp. 762–770.

Efimenko, TA, Malanicheva, IA, Vasil'eva, BF, Glukhova, AA, Sumarukova, IG, Boikova, Yu.V., Mal-kina, ND, Terekhova, LP și Efremenkova, OV, Activitatea antibiotică a endobionților bacterieni ai corpuri fructifere basidiomicete, Microbiologie (Moscova), 2016, vol. 85, pp. 752-758.

Filonov, AE, Akhmetov, LI, Puntus, IF, Esikova, TZ, Gafarov, AB, Kosheleva, IA și Boronin, AM, Transfer orizontal de plasmide catabolice și biodegradare naftalină în sol deschis, Microbiologie (Moscova), 2010, vol. 79, pp. 184–190.

Gennadiev, AN, Pikovskii, YI, Zhidkin, AP, Kovach, RG, Koshovskii, TS, Smirnova, MA, Khly-nina, NI și Tsibart, AS, Factori și caracteristici ale stării hidrocarburilor solurilor, Euras. Știința solului., 2015, vol. 48, pp. 1193–1206.

Guzev, VS, Bondarenko, NG și Byzov, BA, Structura comunității microbiene inițiate ca metodă integrală pentru evaluarea stării microbiologice a solurilor, Microbiologie (Moscova), 1980, vol. 49, pp. 134–139.

Itoh, T., Yamanoi, K., Kudo, T., Ohkuma, M. și Takashina, T., Aciditerrimonas ferrireducens gen. nov., fl. nov., o actinobacterie termoacidofilă de reducere a fierului izolată dintr-un câmp solfataric, Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2011, vol. 61, pp. 1281–1285.

IUSS Working Group WRB, World Reference Base for Soil Resources 2014: Sistem internațional de clasificare a solurilor pentru denumirea solurilor și crearea legendelor pentru hărțile solului, Rapoartele mondiale privind resursele de sol 106, Roma: FAO, 2014.

Ivanova, AA, Vetrova, AA, Filonov, AE și Boro-nin, AM, Biodegradarea uleiului prin asociații microbiene - vegetale, Aplic. Biochimie. Microbiol., 2015, vol. 51, pp. 196–201.

Ivshina, IB, Kostina, LV, Kamenskikh, TN, Zhuikova, VA, Zhuikova, TV și Bezel ’, VS, Microbiocenoza solului ca indicator al stabilității comunităților de pajiști din mediul poluat cu metale grele, Russ. J. Ecol., 2014, vol. 45, pp. 83-89.

Ivshina, I.B., Kuzyukina, M.S. și Krovoruchko, A.V., Imobilizarea rodococilor oxidanți cu hidrocarburi ca factor care accelerează remedierea uleiului, în Imobilizarea celulelor: biocatalizatori și procese (Cell Immobilization: Biocatalysts and Processes), Efremenko, EN, Ed., Moscova: RIOR, 2018, pp. 405–424.

Juretschko, S., Loy, A., Lehner, A. și Wagner, M., Compoziția comunității microbiene a unui nămol activ nitrifiant-denitrifiant dintr-o instalație de tratare a apelor uzate industriale analizată prin abordarea rRNA cu ciclu complet, Syst. Aplic. Microbiol., 2002, vol. 25, pp. 84-99.

Klassifikatsiya i diagnosticika pochv SSSR (Clasificarea și diagnosticarea solurilor în URSS), Moscova: Kolos, 1977.

Lysak, L.V. și Dobrovolskaya, T.G., Bacteriile din solurile tundrei din Taimyrul de Vest, Soviet Soil Sci., 1982, nr. 9, pp. 74–78.

Manucharova, N.A., Kol’tsova, E.M., Stepanov, A.L., Demkina, E.V., Demkin, V.A. și El’Registan G.I., Analiza comparativă a activității funcționale și a compoziției complexelor microbiene hidrolitice din caroseria Volga inferioară și solurile moderne de castan, Microbiologie (Moscova), 2014, vol. 83, pp. 674-683.

Manucharova, NA, Kuteinikova, Yu.V., Ivanov, PV, Nikolaeva, SK, Trofimov, VT, Stepanov, P.Yu, Tyapkina, EV, Lipatov, DN și Stepanov, AL, Analiza moleculară a componentei hidrolitice a petrolului soluri contaminate și ale solurilor remediate cu chitină, Microbiologie (Moscova), vol. 86, pp. 395–402.

Manz, W., Amann, R., Ludwig, W., Vancanneyt, M. și Schleifer, K.-H., Aplicarea unei suite de sonde oligonucleotidice specifice ARNr 16S concepute pentru a investiga bacteriile filului Citophaga-Flavobacter-Bacteroides în mediul natural, Microbiologie (SGM), 1996, vol. 142, pp. 1097-1106.

Manz, W., Amann, R., Ludwig, W., Wagner, M. și Schleifer, K.-H., Sonde ologenucleotidice filogenetice pentru subclasele majore ale Proteobacterii: probleme și soluții, Syst. Aplic. Microbiol., 1992, vol. 15, pp. 593–600.

Meier, H., Amann, R., Ludwig, W. și Schleifer, K.-H., Sonde oligonucleotidice specifice pentru in situ detectarea unui grup major de bacterii gram-pozitive cu conținut scăzut de ADN G + C, Syst. Aplic. Microbiol., 1999, vol. 22, pp. 186–196.

Monciardini, P., Sosio, M., Cavaletti, L., Chiocchini, C. și Donadio, S., Noi primeri PCR pentru amplificarea selectivă a ADNr 16S din diferite grupuri de actinomicete, FEMS Microbiol. Ecol., 2002, vol. 42, pp. 419–429.

Nazina, TN, Shestakova, NM, Grigor'yan, AA, Mikhailova, EM, Tourova, TP, Belyaev, SS, Poltaraus, AB, Feng, C. și Ni, F., Diversitatea filogenetică și activitatea microorganismelor anaerobe de mare -orizonturi de temperatură ale câmpului petrolier Dagang (PR China), Microbiologie (Moscova), 2006, vol. 75, pp. 55-65.

Nazina, TN, Sokolova, DS, Babich, TL, Semenova, EM, Ershov, AP, Bidzhieva, SK, Borzenkov, IA, Tourova, TP, Poltaraus, AB și Khisametdinov, MR, Microorganisme ale rezervoarelor de petrol greu la temperatură joasă ( Rusia) și posibila lor aplicare pentru o recuperare îmbunătățită a petrolului, Microbiologie (Moscova), 2017, vol. 86, pp. 773–785.

Nazina, TN, Tourova, TP, Poltaraus, AB, Novikova, EV, Grigoriyan, AA, Ivanova, AE, Petru-nyaka, VV, Osipov, GA, Belyaev, SS și Ivanov, MV, Studiu taxonomic al bacililor termofili aerobi: descrieri ale Geobacillus subterraneus gen. nov., fl. noiembrie și Geobacillus uzenensis sp. noiembrie din rezervoarele de petrol și transferul de Bacillus stearothermophilus, Bacillus thermocatenulatus, Bacillus thermooleovorans, Bacillus kaustophilus, Bacillus thermoglucosidasius și Bacillus thermodenitrificans la Geobacil ca noile combinații G. stearothermophilus, G. thermocatenulatus, G. thermoleovorans, G. kaustophilus, G. thermoglucosidasius și G. thermodenitrificans,Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, vol. 51, pp. 433–446.

Neef, A., Amann, R., Schlesner, H. și Schleifer, K.-H., Monitorizarea unui grup bacterian răspândit: detectarea in situ a Planctomicete cu sonde orientate către ARNs 16S, Microbiologie (SGM), 1998, vol. 144, pp. 3257–3266.

Polyanskaya, L.M., Geydenbreht, V.V., Stepanov, A.L. și Zvyagintsev, D.G., Distribuția numărului și a biomasei de microorganisme pe profilurile tipurilor de sol zonale, Euras. Știința solului., 1995, vol. 27, nr. 2, pp. 322–328.

Rabus, R., Wilkes, H., Schramm, A., Harms, G., Behrends, A., Amann, R. și Widdel, F., Utilizarea anaerobă a alchilbenzenilor și n-alcanilor din țiței într-o îmbogățire cultura bacteriilor denitrifiante afiliate cu beta-subclasa de Proteobacterii,Mediu Microbiol., 1999, vol. 1, pp. 145–157.

Roller, C., Wagner, M., Amann, R., Ludwig, W. și Schleifer, K.-H., Sondare in situ a bacteriilor Gram-pozitive cu conținut ridicat de ADN G + C utilizând oligonucleotide 23S rARN, Microbiologie (SGM), 1994, vol. 140, pp. 2849–2858.

Sharkova, S.Yu., Polyanskova, E.A. și Parfenova, E.A., starea complexului microbian al solului sub contaminare cu petrol, Izv. Penz. Domnul. Ped. Univ., 2011, nr. 25, pp. 614–617.

Șișov, LL, Tonkonogov, VD, Lebedeva, II și Gerasimova, MI., Klassifikatsiya i diagnosticika pochv Rossii (Clasificarea și diagnosticarea solurilor rusești), Smolensk: Oikumena, 2004.

Somanadhan, B., Kotturi, SR, Yan Leong, C., Glover, RP, Huang, Y., Flotow, H., Buss, AD, Lear, MJ și Butler, MS, Izolarea și sinteza falcitidinei, un roman acyltetrapeptide derivate din mixobacterii cu activitate împotriva falcipain-2 țintă de malarie, J. Antibiot. (Tokyo), 2013, vol. 66, pp. 259–264.

Sorkhoh, N.A., Ghannoum, M.A., Ibrahim, A.S., Stretton, R.J. și Rdaman, S.S., tulpini de degradare a țițeiului și hidrocarburilor de Rhodococcus: Rhodococcus tulpini izolate din mediul solului și marin din Kuweit, Mediu Poluează., 1990, vol. 65, pp. 1-18.

Stahl, D.A. și Amann, R., Dezvoltarea și aplicarea sondelor de acid nucleic, în Tehnici ale acidului nucleic în sistematica bacteriană, Stackebrandt, E. și Goodfellow, M., Eds., N.Y .: Wiley, 1991, pp. 205–248.

Teira, E., Reinthaler, T., Peinthaler, A. Peinthaler, J. și Herndl, G.J., Combinând reporter catalizat depunere-fluorescență in situ hibridizare și microautoradiografie pentru a detecta utilizarea substratului prin Bacterii și Archaea în oceanul adânc, Aplic. Mediu Microbiol., 2004, vol. 70, pp. 4411–4414.

Timonen, S. și Bomberg, M., Archaea în medii de sol uscat, Phytochem. Rev., 2009, vol. 8, pp. 505–518.

Tolpeshta, II, Trofimov, S.Ya., Erkenova, MI, Sokolova, TA, Stepanov, AL și Lobanenkov, AM, Simulare de laborator a degradării aerobe și anaerobe a produselor petroliere în turbă cu oliune contaminată cu ulei, Euras. Știința solului., 2015, vol. 48, nr. 3, pp. 314–324.

Trofimov, S.Ya. și Rozanova, MS, modificări ale proprietăților solului induse de contaminarea cu ulei, în Degradarea și protecția solului (Degradarea și conservarea solului), Dobrovol’skii, G.V., Ed., Moscova: Nauka, 2002, pp. 359–373.

Uzkikh, O.S. și Khomyakov, D.M., Diagnosticul solurilor contaminate cu ulei, Ecol. Norme. Reguli. informație, 2009, nr. 3, pp. 30–36.

Vetrova, AA, Nechaeva, IA, Ignatova, AA, Puntus, IF, Arinbasarov, MU, Filonov, AE și Boronin, AM, Efectul plasmidelor catabolice asupra parametrilor fiziologici și eficiența distrugerii uleiului prin Pseudomonas bacterii, Microbiologie (Moscova), 2007, vol. 76, pp. 310-316.

Wagner, M. și Horn, M., The Planctomicete, Verrucomicrobia, Chlamydiae și filele surori cuprind un superfil cu relevanță biotehnologică și medicală, Curr. Opin. Biotehnologie., 2006, vol. 17, pp. 241–249.