Scorul adnotării: 5 din 5

interferon

Scorul de adnotare oferă o măsură euristică a conținutului de adnotare al unei intrări sau proteome UniProtKB. Acest scor nu poti să fie utilizat ca o măsură a acurateței adnotării, deoarece nu putem defini „adnotarea corectă” pentru nicio proteină dată.

- Dovezi experimentale la nivelul transcrierii i

Acest lucru indică tipul de dovezi care susține existența proteinei. Rețineți că dovada „existenței proteinelor” nu oferă informații cu privire la acuratețea sau corectitudinea secvențelor afișate.

Selectați o secțiune din stânga pentru a vedea conținutul.

Această secțiune oferă orice informații utile despre proteine, în principal cunoștințe biologice.

Proiectul Gene Ontology (GO) oferă un set de vocabular controlat ierarhic împărțit în 3 categorii:

GO - Funcția moleculară i

  • activitate de citokine Sursa: UniProtKB-KW
  • legarea receptorului interferon-gamma Sursa: InterPro

GO - Proces biologic i

  • activarea astrocitelor Sursa: Ensembl
  • oprirea ciclului celular Sursa: Ensembl
  • răspuns de apărare la virus Sursa: UniProtKB-KW
  • cale de semnalizare apoptotică extrinsecă Sursa: Ensembl
  • cale de semnalizare mediată de interferon-gamma Sursa: Ensembl
  • activarea macrofagelor implicată în răspunsul imun Sursa: Ensembl
  • diferențierea macrofagelor Sursa: Ensembl
  • activarea celulei microgliale Sursa: Ensembl
  • reglarea negativă a producției de interleukină-17 Sursa: Ensembl
  • reglarea negativă a proliferării celulelor musculare netede Sursa: Ensembl
  • reglarea negativă a activității tau-protein kinazei Sursa: Ensembl
  • reglarea negativă a transcripției, modelat de ADN Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a formării beta-amiloide Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a autofagiei Sursa: UniProtKB
  • reglarea pozitivă a activității calcidiol 1-monooxigenazei Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a diferențierii celulare T reglatoare CD4-pozitive, CD25-pozitive, implicate în răspunsul imun Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a procesului biosintetic de chemokine Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a legării promotorului de bază Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a secreției de citokine Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a migrării celulelor epiteliale Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a activității fructozei 1,6-bisfosfat 1-fosfatazei Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a procesului metabolic al fructozei 1,6-bifosfat Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a răspunsului inflamator Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a producției de interleukină-12 Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a producției de interleukină-23 Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a producției de interleukină-6 Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a uciderii celulelor altor organisme Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a proteolizei ectodomeniului proteinei de membrană Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a neurogenezei Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a morții neuronilor Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a procesului biosintetic de oxid nitric Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a diferențierii osteoclastelor Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a fosforilării peptidil-serinice a proteinei STAT Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a ansamblului complex care conține proteine ​​Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a deacetilării proteinelor Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a importului de proteine ​​în nucleu Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitiva a activitatii protein serina/treonina kinaza Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a procesului apoptotic al celulelor musculare netede Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a factorului de necroză tumorală (ligand) membru superfamiliei 11 producție Sursa: Ensembl
  • reglarea pozitivă a fosforilării tirozinei a proteinei STAT Sursa: Ensembl
  • reglarea creșterii Sursa: UniProtKB-KW
  • reglarea secreției de insulină Sursa: Ensembl
  • reglarea proteinei ADP-ribozilare Sursa: Ensembl

Cuvintele cheie UniProtKB constituie un vocabular controlat cu o structură ierarhică. Cuvintele cheie rezumă conținutul unei intrări UniProtKB și facilitează căutarea proteinelor de interes.

Această secțiune oferă informații despre numele și sinonimele (proteinele) și genele și despre organismul care este sursa secvenței de proteine.

Nume și taxonomie i

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie oferă o listă exhaustivă a tuturor denumirilor proteinelor, de la cele utilizate în mod obișnuit până la învechire, pentru a permite identificarea fără echivoc a unei proteine.

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie indică numele (numele) genei care codifică secvența (secvențele) de proteine ​​descrise în intrare. Există patru jetoane distincte: „Nume”, „Sinonime”, „Nume de locus ordonat” și „Nume ORF”.

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie oferă informații cu privire la numele (numele) organismului care este sursa secvenței de proteine.

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie arată identificatorul unic atribuit de NCBI organismului sursă al proteinei. Acesta este cunoscut sub numele de „identificator taxonomic” sau „taxid”.

Această subsecțiune a secțiunii Numele și taxonomia conține linia de clasificare ierarhică taxonomică a organismului sursă. Acesta listează nodurile așa cum apar de sus în jos în arborele taxonomic, cu gruparea mai generală listată mai întâi.

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie este prezentă pentru intrările care fac parte dintr-un proteom, adică a unui set de proteine ​​considerate a fi exprimate de organisme ale căror genomi au fost complet secvențați.

Un proteom UniProt poate consta din mai multe componente.
Numele componentei se referă la componenta genomică care codifică un set de proteine.

Această secțiune oferă informații despre localizarea și topologia proteinei mature din celulă.

Localizarea subcelulară i

Regiune extracelulară sau secretată

Afirmație computerizată automată

Grafică de Christian Stolte și Seán O'Donoghue; Sursă:

Regiune extracelulară sau secretată
Regiune extracelulară sau secretată

Cuvinte cheie - Componenta celulară i

Această secțiune descrie modificările post-traducere (PTM) și/sau evenimentele de procesare.

PTM/Procesare i

Prelucrarea moleculelor

Această subsecțiune a secțiunii „PTM/Procesare” denotă prezența unui peptid semnal N-terminal.

Această subsecțiune a secțiunii „PTM/Prelucrare” descrie întinderea unui lanț polipeptidic în proteina matură după procesare sau scindare proteolitică.

Modificări ale aminoacizilor

Această subsecțiune a secțiunii „PTM/Prelucrare” specifică poziția și tipul fiecărui reziduu modificat, cu excepția lipidelor, glicanilor și a reticulelor proteice.

Informații curate manual care au fost propagate dintr-o proteină înrudită caracterizată experimental.

Afirmație manuală dedusă din similitudinea secvenței cu i

Această subsecțiune a secțiunii PTM/Procesare specifică poziția și tipul fiecărei grupări de glican atașat covalent (mono-, di- sau polizaharidă).

Cuvinte cheie - PTM i

Această secțiune oferă informații cu privire la expresia unei gene la nivelul ARNm sau proteine ​​în celule sau în țesuturile organismelor multicelulare.

Această subsecțiune a secțiunii „Expresie” oferă informații despre expresia unei gene la nivelul ARNm sau proteine ​​în celule sau în țesuturile organismelor multicelulare. În mod implicit, informațiile sunt derivate din experimente la nivelul ARNm, cu excepția cazului în care este specificat „la nivelul proteinei”.
Exemple: P92958, Q8TDN4, O14734

Specificitatea țesutului i

Această secțiune oferă informații cu privire la structura cuaternară a unei proteine ​​și la interacțiunile cu alte proteine ​​sau complexe proteice.

Această subsecțiune a secțiunii „Interacțiune” oferă informații despre structura cuaternară a proteinei și interacțiunile cu alte proteine ​​sau complexe proteice (cu excepția interacțiunilor receptor-fiziologic ligand care sunt adnotate în secțiunea „Funcție”).

Structura subunității i

GO - Funcția moleculară i

  • activitate de citokine Sursa: UniProtKB-KW
  • legarea receptorului interferon-gamma Sursa: InterPro

Baze de date de interacțiune proteină-proteină

STRING: rețele funcționale de asociere a proteinelor

Această secțiune oferă informații cu privire la structura terțiară și secundară a unei proteine.

Baze de date cu structură 3D

Depozitul SWISS-MODEL - o bază de date cu modele de structuri proteice 3D adnotate

Baza de date a modelelor comparative de structuri proteice

Această secțiune oferă informații despre asemănările secvenței cu alte proteine ​​și domeniul (domeniile) prezent (e) într-o proteină.

Familia și domeniile i

Această subsecțiune a secțiunii „Familia și domeniile” oferă informații despre similaritatea secvenței cu alte proteine.

Asemănări secvențiale i

Cuvinte cheie - Domeniul i

Baze de date filogenomice

genealogia evolutivă a genelor: grupuri ortologe nesupravegheate

Identificarea ortologilor din datele complete ale genomului

Baza de date a grupurilor ortologice

Baze de date familiale și de domenii

Resursă integrată de familii de proteine, domenii și site-uri funcționale

Sistemul de clasificare PANTHER

Baza de date a domeniului proteinei Pfam

PIRSF; o bază de date de clasificare a proteinelor întregi

Baza de date a superfamiliei de adnotări structurale și funcționale

Această secțiune afișează în mod implicit secvența canonică de proteine ​​și la cerere toate izoformele descrise în intrare. De asemenea, include informații relevante pentru secvență (e), inclusiv lungimea și greutatea moleculară. Informațiile sunt înregistrate în diferite subsecțiuni. Subsecțiunile actuale și conținutul acestora sunt enumerate mai jos:

Această subsecțiune a secțiunii Secvență indică dacă secvența canonică afișată implicit în intrare este completă sau nu.

Starea secvenței i: Complet.

Această subsecțiune a secțiunii Secvență indică dacă secvența canonică afișată implicit în intrare este în forma sa matură sau dacă reprezintă precursorul.

Procesarea secvenței i: Secvența afișată este procesată în continuare într-o formă matură.

Suma de control este o formă de verificare a redundanței care este calculată din secvență. Este util pentru urmărirea actualizărilor secvenței.

Trebuie remarcat faptul că, deși, în teorie, două secvențe diferite ar putea avea aceeași valoare a sumei de control, probabilitatea ca acest lucru să se întâmple este extrem de scăzută.

Cu toate acestea, UniProtKB poate conține intrări cu secvențe identice în cazul mai multor gene (paralogi).

Suma de control este calculată ca secvență 64-bit Cyclic Redundancy Check value (CRC64) folosind polinomul generatorului: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Algoritmul este descris în standardul ISO 3309.

Presă W.H., Flannery BP, Teukolsky S.A. și Vetterling W.T.
Redundanță ciclică și alte sume de control
Rețete numerice în ediția a II-a C, Pp896-902, Cambridge University Press (1993))

Suma de verificare: i 37AA9FF7FC2E948F

Baze de date secvențiale

Baza de date a secvențelor de nucleotide EMBL

Baza de date de secvențe de nucleotide GenBank

DNA Data Bank din Japonia; o bază de date de secvențe de nucleotide

Secvențe de referință NCBI

Baze de date de adnotare a genomului

Proiect de adnotare a genomului eucariot

Baza de date a genelor din genomurile NCBI RefSeq

KEGG: Enciclopedia Kyoto a genelor și genomilor

Această secțiune oferă legături către proteine ​​similare cu secvența (secvențele) de proteine ​​descrise în această intrare la diferite niveluri ale pragurilor de identitate a secvenței (100%, 90% și 50%) pe baza apartenenței lor la clusterele de referință UniProt (UniRef).

Proteine ​​similare i

Această secțiune este utilizată pentru a indica informații legate de intrări și găsite în colecții de date, altele decât UniProtKB.

Baze de date secvențiale

Baze de date cu structură 3D

Baze de date de interacțiune proteină-proteină

Baze de date de adnotare a genomului

Baze de date specifice organismelor

Baza de date comparativă de toxicogenomică

Baze de date filogenomice

Baze de date familiale și de domenii

ProtoNet; Clasificarea ierarhică automată a proteinelor

MobiDB: o bază de date cu tulburări de proteine ​​și adnotări de mobilitate

Această secțiune oferă informații generale despre intrare.

Informații de intrare i

Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” oferă un identificator mnemonic pentru o intrare UniProtKB, dar nu este un identificator stabil. Fiecărei intrări revizuite i se atribuie un nume de intrare unic la integrarea în UniProtKB/Swiss-Prot.

Această subsecțiune a secțiunii „Informații de intrare” furnizează unul sau mai multe numere de acces. Aceștia sunt identificatori stabili și ar trebui folosiți pentru a citi intrările UniProtKB. După integrarea în UniProtKB, fiecărei intrări i se atribuie un număr unic de accesare, numit „număr de accesare primar (citabil)”.

Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” arată data integrării intrării în UniProtKB, data ultimei actualizări a secvenței și data ultimei modificări de adnotare („Ultima modificare”). De asemenea, sunt afișate numărul versiunii atât pentru intrare, cât și pentru secvența canonică.

Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” indică dacă intrarea a fost adnotată manual și revizuită de curatorii UniProtKB sau nu, cu alte cuvinte, dacă intrarea aparține secțiunii Swiss-Prot din UniProtKB (revizuit) sau la secțiunea TrEMBL adnotată de computer (nerecomandat).

Această secțiune conține orice informații relevante care nu se încadrează în alte secțiuni definite