Subiecte

Abstract

Opțiuni de acces

Abonați-vă la Jurnal

Obțineți acces complet la jurnal timp de 1 an

doar 4,60 EUR pe număr

Toate prețurile sunt prețuri NET.
TVA va fi adăugat mai târziu în casă.

Închiriați sau cumpărați articol

Obțineți acces limitat la timp sau la articol complet pe ReadCube.

Toate prețurile sunt prețuri NET.

creșterea

Disponibilitatea datelor

Datele secvențiale care susțin aceste descoperiri au fost depuse, împreună cu metadatele clinice relevante, în SRA sub ID-ul BioProject PRJNA473126, cu codurile primare de acces BioSample SAMN09259835 - SAMN09260236 (studiu SRP148966). Date sursă pentru Fig. 1–4 sunt disponibile online. Orice date suplimentare generate și analizate în acest studiu sunt disponibile de la autorul corespunzător, la cerere rezonabilă.

Referințe

Indrio, F. și colab. Probleme epigenetice: legătura dintre nutriția timpurie, microbiomul și dezvoltarea sănătății pe termen lung. Față. Pediatru. 5, 178 (2017).

Clemente, J. C., Ursell, L. K., Parfrey, L. W. și Knight, R. Impactul microbiotei intestinale asupra sănătății umane: o viziune integrativă. Celulă 148, 1258–1270 (2012).

Yatsunenko, T. și colab. Microbiomul intestinal uman vizualizat de-a lungul vârstei și geografiei. Natură 486, 222–227 (2012).

Bäckhed, F. și colab. Dinamica și stabilizarea microbiomului intestinal uman în primul an de viață. Microbi gazdă celulară 17, 852 (2015).

Oozeer, R. și colab. Microbiologia intestinală la începutul vieții: prebioticele specifice pot avea funcționalități similare cu oligozaharidele din laptele uman. A.m. J. Clin. Nutr. 98, 561S - 571S (2013).

de Weerth, C., Fuentes, S., Puylaert, P. & de Vos, W. M. Microbiota intestinală a sugarilor cu colici: dezvoltare și semnături specifice. Pediatrie 131, e550 - e558 (2013).

Del Chierico, F. și colab. Profilarea microbiotei intestinale a bolii hepatice grase nealcoolice pediatrice și a pacienților obezi dezvăluită printr-o abordare integrată bazată pe metaomici. Hepatologie 65, 451–464 (2017).

Arumugam, M. și colab. Enterotipii microbiomului intestinal uman. Natură 473, 174-180 (2011).

Yang, B., Feng, L., Wang, F. și Wang, L. Enterohemoragic Escherichia coli simte statutul scăzut de biotină în intestinul gros pentru colonizare și infecție. Nat. Comun. 6, 6592 (2015).

Badurdeen, S., Mulongo, M. & Berkley, J. A. Depleția argininei crește susceptibilitatea la infecții grave la nou-născuții prematuri. Pediatru. Rez. 77, 290–297 (2015).

Zhou, P., Li, Y., Ma, L. Y. și Lin, H. C. Rolul imunonutrienților în prevenirea enterocolitei necrozante la sugarii cu greutate foarte mică la naștere prematuri. Nutrienți 7, 7256–7270 (2015).

Schwarzenberg, S. J. și Georgieff, M. K. Comitetul AAP pentru nutriție. Pledoarie pentru îmbunătățirea nutriției în primele 1000 de zile pentru a sprijini dezvoltarea copilăriei și sănătatea adulților. Pediatrie 141, e20173716 (2018).

Planer, J. D. și colab. Dezvoltarea microbiotei intestinale și a răspunsurilor IgA mucoasei la gemeni și șoareci gnotobiotici. Natură 534, 263–266 (2016).

Zhang, Z., Adelman, A. S., Rai, D., Boettcher, J. & Lőnnerdal, B. Profiluri de aminoacizi în laptele uman la termen și prematur prin lactație: o revizuire sistematică. Nutrienți 5, 4800–4821 (2013).

Chu, D. M. și colab. Maturarea structurii și funcției comunității microbiomilor infantili pe mai multe locuri ale corpului și în raport cu modul de livrare. Nat. Med. 23, 314-326 (2017).

Butteiger, D. N. și colab. Proteina din soia comparată cu proteina din lapte într-o dietă occidentală crește diversitatea microbiană intestinală și reduce lipidele serice la hamsterii sirieni aurii. J. Nutr. 146, 697-705 (2016).

Yassour, M. și colab. Istoria naturală a microbiomului intestinal al sugarului și impactul tratamentului cu antibiotice asupra diversității și stabilității tulpinilor bacteriene. Știință. Trad. Med. 8, 343ra381 (2016).

Agostoni, C., Carratù, B., Boniglia, C., Riva, E. și Sanzini, E. Conținut gratuit de aminoacizi în formulele standard pentru sugari: comparație cu laptele uman. J. Am. Col. Nutr. 19, 434–438 (2000).

Sharon, G. și colab. Metaboliți specializați din microbiom în sănătate și boală. Cell Metab. 20, 719–730 (2014).

Haschke-Becher, E., Kainz, A. & Bachmann, C. Valorile de referință ale aminoacizilor și ale chimiei clinice comune în plasmă la sugarii sănătoși cu vârsta de 1 și 4 luni. J. Moștenește. Metab. Dis. 39, 25–37 (2016).

Piacentini, G., Peroni, D., Bessi, E. și Morelli, L. Caracterizarea moleculară a microbiotei intestinale la sugarii hrăniți cu lapte de soia. J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. 51, 71–76 (2010).

Vázquez, L., Flórez, A. B., Guadamuro, L. & Mayo, B. Efectul izoflavonelor din soia asupra creșterii speciilor bacteriene reprezentative din intestinul uman. Nutrienți 9, 727 (2017).

Li, S. și colab. Ingerarea continuă de fructooligozaharidă nu poate menține intestinul șobolanilor Bifidobacterium la un nivel înalt. J. Food Science. 80, M2530 - M2534 (2015).

Bhatia, J. & Greer, F. Comitetul pentru nutriție. Utilizarea formulelor pe bază de proteine ​​din soia în hrănirea sugarilor. Pediatrie 121, 1062-1068 (2008).

Vandenplas, Y. Prevenirea și gestionarea alergiilor la laptele de vacă la sugarii alăptați neexclusiv. Nutrienți 9, 731 (2017).

Bauchart-Thevret, C., Stoll, B., Chacko, S. & Burrin, D. G. Deficitul de aminoacizi de sulf reglează în sus activitatea ciclului intestinal de metionină și suprimă creșterea epitelială la porcii nou-născuți. A.m. J. Fiziol. Endocrinol. Metab. 296, E1239 - E1250 (2009).

Choe, E. K., Moon, J. S. & Park, K. J. Metionina îmbunătățește activitatea contractilă a mușchiului neted circular al colonului uman in vitro. J. Korean Med. Știință. 27, 777–783 (2012).

Neis, E. P., Dejong, C. H. și Rensen, S. S. Rolul metabolismului aminoacizilor microbieni în metabolismul gazdei. Nutrienți 7, 2930–2946 (2015).

Alsaker, K. V., Paredes, C. & Papoutsakis, E. T. Stresul și toleranța la metabolit în producția de biocombustibili și substanțe chimice: analiza sistemelor bazate pe expresia genică a stresurilor de butanol, butirat și acetat în anaerob Clostridium acetobutylicum. Biotehnologie. Bioeng. 105, 1131–1147 (2010).

Vitreschak, A. G., Rodionov, D. A., Mironov, A. A. și Gelfand, M. S. Reglarea biosintezei riboflavinei și a genelor de transport în bacterii prin atenuare transcripțională și translațională. Acizi nucleici Res. 30, 3141-3151 (2002).

Stanislawski, M. A. și colab. Greutatea înainte de sarcină, creșterea în greutate gestațională și microbiota intestinală a mamelor și a sugarilor lor. Microbiom 5, 113 (2017).

Collado, M. C., Isolauri, E., Laitinen, K. și Salminen, S. Efectul greutății mamei asupra achiziției, compoziției și activității microbiotei sugarului în timpul copilăriei timpurii: un studiu prospectiv de urmărire inițiat la începutul sarcinii. A.m. J. Clin. Nutr. 92, 1023-1030 (2010).

Antony, K. M. și colab. Microbiomul placentar prematur variază în asociere cu creșterea excesivă în greutate maternă. A.m. J. Obstet. Ginecol. 212, 653.e651-616 (2015).

Ma, J. și colab. Dieta maternă bogată în grăsimi în timpul sarcinii modifică persistent microbiomul descendenților într-un model de primate. Nat. Comun. 5, 3889 (2014).

Hu, J. și colab. Microbiota diversificată a meconiului este afectată de starea de diabet matern. Plus unu 8, e78257 (2013).

Prince, A. L. și colab. Microbiomul perinatal și sarcina: trecerea dincolo de microbiomul vaginal. Harb de primăvară rece. Perspectivă. Med. 5, a023051 (2015).

Sacchetti, R., De Luca, G., Dormi, A., Guberti, E. și Zanetti, F. Calitatea microbiană a apei potabile de la dozatoarele de apă microfiltrată. Int. J. Hyg. Mediu Sănătate 217, 255–259 (2014).

Dias, M. F. și colab. Modificări ale comunității bacteriene intestinale a șoarecilor ca răspuns la diferite tipuri de apă potabilă. Apă Res. 132, 79–89 (2017).

Poroyko, V. și colab. Expresia genei microbiene intestinale la purceii hrăniți de mamă și hrăniți cu formulă. Plus unu 5, e12459 (2010).

Charbonneau, M. R. și colab. Oligozaharidele din lapte sialilat promovează creșterea dependentă de microbiotă în modelele de subnutriție infantilă. Celulă 164, 859–871 (2016).

Lim, E. S. și colab. Dinamica vieții timpurii a viromului intestinal uman și a microbiomului bacterian la sugari. Nat. Med. 21, 1228–1234 (2015).

Moore, A. M. și colab. Dezvoltarea rezistenței intestinale la perechi de gemeni sănătoși în primul an de viață. Microbiom 3, 27 (2015).

Gurnee, E. A. și colab. Colonizarea intestinală a copiilor sănătoși și a mamelor acestora cu rezistență la ciprofloxacină patogenă Escherichia coli. J. Infectează. Dis. 212, 1862–1868 (2015).

Gibson, M. K. și colab. Dinamica dezvoltării microbiotei intestinale premature a sugarului și a rezistenței la antibiotice. Nat. Microbiol. 1, 16024 (2016).

Fein, S. B. și colab. Practicile de hrănire a sugarului Studiul II: metode de studiu. Pediatrie 122(Supliment. 2), S28 - S35 (2008).

Segata, N. și colab. Profilarea comunității microbiene metagenomice folosind gene marker unice specifice cladei. Nat. Metode 9, 811–814 (2012).

McHardy, I. H. și colab. Analiza integrativă a microbiomului și metabolomului suprafeței mucoasei intestinale umane relevă interacțiuni rafinate. Microbiom 1, 17 (2013).

Bolger, A. M., Lohse, M. & Usadel, B. Trimmomatic: un dispozitiv de tundere flexibil pentru datele secvenței Illumina. Bioinformatică 30, 2114–2120 (2014).

Schmieder, R. & Edwards, R. Identificarea rapidă și eliminarea contaminării secvențiale din seturile de date genomice și metagenomice. Plus unu 6, e17288 (2011).

Abubucker, S. și colab. Reconstrucție metabolică pentru date metagenomice și aplicarea acesteia la microbiomul uman. PLoS Comput. Biol. 8, e1002358 (2012).

Chu, D. M. și colab. Microbiomul intestinal timpuriu al sugarului variază în asociere cu o dietă maternă bogată în grăsimi. Genomul Med. 8, 77 (2016).

Robinson, A. și colab. Asocierea creșterii în greutate gestațională maternă cu microbiota fecală a sugarului. J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. 65, 509–515 (2017).

Singh, S., Karagas, M. R. și Mueller, N. T. Graficarea microbiomului matern și infantil: care este rolul diabetului și obezității în sarcină? Curr. Diab. reprezentant. 17, 11 (2017).

Colegiul American de Obstetricieni și Ginecologi. Avizul Comitetului ACOG nr. 548: creștere în greutate în timpul sarcinii. Obstet. Ginecol. 121, 210-212 (2013).

Joo, J. W., Hormozdiari, F., Han, B. și Eskin, E. Corecția testării multiple în modele mixte liniare. Genomul Biol. 17, 62 (2016).

Mulțumiri

Informatia autorului

Afilieri

Divizia de Medicină pentru Nou-Născuți, Departamentul de Pediatrie, Universitatea Washington din St. Școala de Medicină St. Louis, St. Louis, MO, SUA

Aimee M. Baumann-Dudenhoeffer și Barbara B. Warner

Centrul de familie Edison pentru științele genomului și biologia sistemelor, Universitatea Washington din St. Școala de Medicină St. Louis, St. Louis, MO, SUA

Aimee M. Baumann-Dudenhoeffer, Alaric W. D'Souza și Gautam Dantas

Divizia de Gastroenterologie, Hepatologie și Nutriție, Departamentul de Pediatrie, Universitatea Washington din St. Școala de Medicină St. Louis, St. Louis, MO, SUA

Departamentul de Microbiologie Moleculară, Universitatea Washington din St. Școala de Medicină St. Louis, St. Louis, MO, SUA

Phillip I. Tarr & Gautam Dantas

Departamentul de Patologie și Imunologie, Universitatea Washington din St. Școala de Medicină St. Louis, St. Louis, MO, SUA

Departamentul de Inginerie Biomedică, Universitatea Washington din St. Louis, St. Louis, MO, SUA

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Contribuții

A.M.B.-D., A.W.D., B.B.W., P.I.T. și G.D. conceput de experimente și proiectare de lucrări și analize. B.B.W. și P.I.T. a supravegheat colectarea și administrarea probelor fecale și a inventarelor clinice de metadate. A.M.B.-D. a efectuat experimente de laborator umed cu sfaturile lui G.D. A.M.B.-D. a efectuat analize computaționale cu sfaturi de la A.W.D. și G.D. Redactarea articolelor a fost efectuată de A.M.B.-D. cu revizuirea critică efectuată de A.W.D., B.B.W., P.I.T. și G.D.

Autori corespondenți

Declarații de etică

Interese concurente

Autorii nu declară interese concurente.

Informatii suplimentare

Nota editorului: Springer Nature rămâne neutru în ceea ce privește revendicările jurisdicționale din hărțile publicate și afilierile instituționale.

Informatie suplimentara

Text și cifre suplimentare

Figurile suplimentare 1-7 și tabelele suplimentare 1 și 2

Rezumatul raportării

Tabelul suplimentar 3

Informații despre modelul GLMM longitudinal multivariant cu probabilitate maximă

Tabelul suplimentar 4

Tabelul suplimentar 5

Rezumat calitativ al asocierilor semnificative ale variabilelor clinice cu taxoni și căi

Tabelul suplimentar 6

Dimensiunea eșantionului pentru variabilele binare

Tabelul suplimentar 7

Marci și ingrediente pentru formulele pentru sugari

Tabelul suplimentar 8

Taxa identificată în probele de control pozitiv standard ale comunității zimobiomice