Ca urmare a Acordului de la Munchen, Republica Cehoslovacă slăbită a fost nevoită să acorde concesii majore non-cehilor. Comitetul executiv al Partidului Populist Slovac s-a întrunit la Zilina la 5 octombrie 1938 și, cu acordul tuturor partidelor slovace, cu excepția social-democraților, a format un guvern slovac autonom sub Tiso. În mod similar, cele două facțiuni majore din Rutenia subcarpatică, rusofilii și ucrainofilii, au convenit asupra înființării unui guvern autonom, care a fost constituit la 8 octombrie 1938. Reflectând răspândirea conștiinței naționale ucrainene moderne, fracțiunea pro-ucraineană, condusă de Volosin, a câștigat controlul asupra guvernului local, iar Rutenia subcarpatică a fost redenumită CarpathoUkraine.

republica

În noiembrie 1938, Emil Hacha, în locul lui Benes, a fost ales președinte al celei de-a doua republici federate, formată din trei părți: Boemia, Moravia, Slovacia și Carpatho-Ucraina. Lipsit de frontiera sa naturală și pierzându-și sistemul costisitor de fortificare a frontierei, noul stat era indefensabil din punct de vedere militar. În ianuarie 1939, negocierile dintre Germania și Polonia s-au destrămat. Hitler, intenționat să lupte împotriva Poloniei, a trebuit să elimine mai întâi Cehoslovacia. El a programat o invazie germană în Boemia și Moravia pentru dimineața zilei de 15 martie. Între timp, a negociat cu populiștii slovaci și cu Ungaria pentru a pregăti dezmembrarea republicii înainte de invazie. Pe 14 martie, dieta slovacă s-a convocat și a declarat în unanimitate independența slovacă. Carpato-Ucraina și-a declarat independența, dar trupele maghiare au ocupat-o și estul Slovaciei. Hitler la chemat pe președintele Hacha la Berlin.

În primele ore ale zilei de 15 martie, Hitler l-a informat pe Hacha despre iminenta invazie germană. Amenințând un atac al Luftwaffe asupra Pragei, Hitler l-a convins pe Hacha să ordone capitularea armatei cehoslovace. În dimineața zilei de 15 martie, trupele germane au intrat în Boemia și Moravia, fără a întâmpina nicio rezistență. Invazia maghiară din Carpatho-Ucraina a întâmpinat rezistență, dar armata ungară a zdrobit-o rapid. Pe 16 martie, Hitler a plecat în Cehoslovacia și de la Castelul Hradcany din Praga a proclamat Boemia și Moravia drept protectorat german.

Cehoslovacia independentă s-a prăbușit în urma agresiunii străine și a tensiunilor interne. Ulterior, Cehoslovacia interbelică a fost idealizată de susținătorii săi ca fiind singurul bastion al democrației înconjurat de regimuri autoritare și fasciste. De asemenea, a fost condamnat de detractorii săi ca o creație artificială și irealizabilă a intelectualilor susținuți de marile puteri. Ambele puncte de vedere au o anumită valabilitate. Cehoslovacia interbelică era compusă din pământuri și popoare care erau departe de a fi integrate într-un stat național modern. Mai mult, cehii dominanți, care suferiseră discriminări politice sub Habsburg, nu au reușit să facă față cerințelor altor naționalități. Pentru corectitudine față de cehi, ar trebui să se recunoască faptul că unele dintre cererile minorității au servit drept simple pretexte pentru a justifica intervenția Germaniei naziste. Că Cehoslovacia a reușit în astfel de circumstanțe să mențină o economie viabilă și un sistem politic democratic a fost într-adevăr o realizare remarcabilă a perioadei interbelice.