Scorul adnotării: 4 din 5
Scorul de adnotare oferă o măsură euristică a conținutului de adnotare al unei intrări sau proteome UniProtKB. Acest scor nu poti să fie utilizat ca o măsură a acurateței adnotării, deoarece nu putem defini „adnotarea corectă” pentru nicio proteină dată.
- Proteine deduse din omologie i
Acest lucru indică tipul de dovezi care susține existența proteinei. Rețineți că dovada „existenței proteinelor” nu oferă informații cu privire la acuratețea sau corectitudinea secvențelor afișate.
Selectați o secțiune din stânga pentru a vedea conținutul.
Această secțiune oferă orice informații utile despre proteine, în principal cunoștințe biologice.
Regiuni
Această subsecțiune a secțiunii Funcție specifică poziția și tipul fiecărui domeniu de legare a ADN-ului prezent în proteină.
Informații validate manual, generate de sistemul automat de adnotare UniProtKB.
Afirmare manuală conform regulilor i
Proiectul Gene Ontology (GO) oferă un set de vocabular controlat ierarhic împărțit în 3 categorii:
GO - Funcția moleculară i
Dedus din aspectul biologic al strămoșului
Un tip de dovadă filogenetică prin care un aspect al unui descendent este dedus prin caracterizarea unui aspect al unei gene ancestrale.
Mai multe informații în ghidul codului de probă GO
Dedus din aspectul biologic al strămoșului i
GO - Proces biologic i
Se deduce din fenotipul mutant
Descrie adnotările care se concluzionează din examinarea variațiilor sau modificărilor unui produs genetic, cum ar fi mutațiile sau nivelurile anormale și include tehnici precum eliminări, supraexpresie, experimente anti-simț și utilizarea inhibitorilor de proteine specifice.
Mai multe informații în ghidul codului de probă GO
Se deduce din fenotipul mutant i
Se deduce din modelul de expresie
Acoperă cazurile în care adnotarea este dedusă din momentul sau locația de exprimare a unei gene.
Mai multe informații în ghidul codului de probă GO
Dedus din modelul de expresie i
Cuvintele cheie UniProtKB constituie un vocabular controlat cu o structură ierarhică. Cuvintele cheie rezumă conținutul unei intrări UniProtKB și facilitează căutarea proteinelor de interes.
Baze de date cu enzime și căi
Colecția BioCyc de baze de date Pathway/Genome
Această secțiune oferă informații despre numele și sinonimele (proteinele) și genele și despre organismul care este sursa secvenței de proteine.
Nume și taxonomie i
Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie oferă o listă exhaustivă a tuturor denumirilor proteinelor, de la cele utilizate în mod obișnuit până la învechire, pentru a permite identificarea fără echivoc a unei proteine.
Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie indică numele (numele) genei care codifică secvența (secvențele) de proteine descrise în intrare. Există patru jetoane distincte: „Nume”, „Sinonime”, „Nume de locus ordonat” și „Nume ORF”.
Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie oferă informații cu privire la numele (numele) organismului care este sursa secvenței de proteine.
Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie arată identificatorul unic atribuit de NCBI organismului sursă al proteinei. Acesta este cunoscut sub numele de „identificator taxonomic” sau „taxid”.
Această subsecțiune a secțiunii Numele și taxonomia conține linia de clasificare ierarhică taxonomică a organismului sursă. Acesta listează nodurile așa cum apar de sus în jos în arborele taxonomic, cu gruparea mai generală listată mai întâi.
Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie este prezentă pentru intrările care fac parte dintr-un proteom, adică a unui set de proteine considerate a fi exprimate de organisme ale căror genomi au fost complet secvențați.
Un proteom UniProt poate consta din mai multe componente.
Numele componentei se referă la componenta genomică care codifică un set de proteine.
Baze de date specifice organismelor
Baza de date a genomului Pseudomonas
Această secțiune oferă informații despre localizarea și topologia proteinei mature din celulă.
Localizarea subcelulară i
GO - Componenta celulară i
-
citosol Sursa: GO_Central Dedus din aspectul biologic al strămoșului i
- Observații privind digestia proteinelor in vivo The Journal of Nutrition Oxford Academic
- Proteine pe bază de plante; 88 Acri
- Rețetă Slow Cooker Chicken Pot Pipe - Bucătarul cu proteine
- Smartbody Nutrition Syntrax Matrix Protein 5 Lb - Ciocolată perfectă
- Salată de proteine din soia tocată - 25g (100g) Informații despre calorii, grăsimi, carbohidrați și proteine la SparkPeople
Cuvinte cheie - Componenta celulară i
Această secțiune oferă informații despre boala (bolile) și fenotipul (ele) asociate cu o proteină.
Patologie și Biotehnologie i
Această subsecțiune a secțiunii „Patologie și biotehnologie” descrie efectele in vivo cauzate de ablația genei (sau a unuia sau mai multor transcrieri) care codifică proteina descrisă în intrare. Aceasta include eliminarea și eliminarea genelor, cu condiția ca experimentele să fi fost efectuate în contextul unui organism întreg sau a unui țesut specific, și nu la nivelul unei singure celule.
Fenotip de întrerupere i
Informații curate manual pentru care există dovezi experimentale publicate.
Afirmație manuală bazată pe experiment în i
Această secțiune descrie modificările post-traducere (PTM) și/sau evenimentele de procesare.
PTM/Procesare i
Prelucrarea moleculelor
Această subsecțiune a secțiunii „PTM/Prelucrare” descrie întinderea unui lanț polipeptidic în proteina matură după procesare sau scindare proteolitică.
Modificări ale aminoacizilor
Această subsecțiune a secțiunii „PTM/Prelucrare” specifică poziția și tipul fiecărui reziduu modificat, cu excepția lipidelor, glicanilor și a reticulelor proteice.
Afirmare manuală conform regulilor i
Cuvinte cheie - PTM i
Baze de date proteomice
PaxDb, o bază de date cu abundența de proteine medii în toate cele trei domenii ale vieții
Baza de date IDEntifications PRoteomics
Această secțiune oferă informații cu privire la expresia unei gene la nivelul ARNm sau proteine în celule sau în țesuturile organismelor multicelulare.
Baze de date de expresie genică
Baza de date CollecTF a siturilor de legare a factorului de transcripție bacteriană
Această secțiune oferă informații cu privire la structura terțiară și secundară a unei proteine.
Baze de date cu structură 3D
Depozitul SWISS-MODEL - o bază de date cu modele de structuri proteice 3D adnotate
Baza de date a modelelor comparative de structuri proteice
Această secțiune oferă informații despre asemănările secvenței cu alte proteine și domeniul (domeniile) prezent (e) într-o proteină.
Familia și domeniile i
Domenii și repetări
Această subsecțiune a secțiunii Familie și domenii descrie poziția și tipul unui domeniu, care este definit ca o combinație specifică de structuri secundare organizate într-o structură sau o pliere caracteristică tridimensională.
Afirmare manuală conform regulilor i
Baze de date filogenomice
Baza de date HOGENOM a genelor omoloage din organisme complet secvențiate
InParanoid: Grupuri de ortolog eucariot
Identificarea ortologilor din datele complete ale genomului
Baza de date pentru colecții complete de filogenii genetice
Baze de date familiale și de domenii
Baza de date a domeniilor conservate
Adnotarea structurală și funcțională Gene3D a familiilor de proteine
Resursă integrată de familii de proteine, domenii și site-uri funcționale
Sistemul de clasificare PANTHER
Baza de date a domeniului proteinei Pfam
Instrument simplu de cercetare a arhitecturii modulare; o bază de date de domeniu proteic
Baza de date a superfamiliei de adnotări structurale și funcționale
TIGRFAM-uri; o bază de date a familiei de proteine
CERE; un domeniu de proteine și o bază de date familială
Această secțiune afișează în mod implicit secvența canonică de proteine și la cerere toate izoformele descrise în intrare. De asemenea, include informații relevante pentru secvență (e), inclusiv lungimea și greutatea moleculară. Informațiile sunt înregistrate în diferite subsecțiuni. Subsecțiunile actuale și conținutul acestora sunt enumerate mai jos:
Această subsecțiune a secțiunii Secvență indică dacă secvența canonică afișată implicit în intrare este completă sau nu.
Starea secvenței i: Complet.
Suma de control este o formă de verificare a redundanței care este calculată din secvență. Este util pentru urmărirea actualizărilor secvenței.
Trebuie remarcat faptul că, deși, în teorie, două secvențe diferite ar putea avea aceeași valoare a sumei de control, probabilitatea ca acest lucru să se întâmple este extrem de scăzută.
Cu toate acestea, UniProtKB poate conține intrări cu secvențe identice în cazul mai multor gene (paralogi).
Suma de control este calculată ca secvență 64-bit Cyclic Redundancy Check value (CRC64) folosind polinomul generatorului: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Algoritmul este descris în standardul ISO 3309.
Presă W.H., Flannery BP, Teukolsky S.A. și Vetterling W.T.
Redundanță ciclică și alte sume de control
Rețete numerice în ediția a II-a C, Pp896-902, Cambridge University Press (1993))
Suma de verificare: și AD7FAEFA7F8004A3
Informații experimentale
Această subsecțiune a secțiunii „Secvență” raportează diferențele dintre secvența canonică (afișată implicit în intrare) și diferitele trimiteri de secvențe îmbinate în intrare. Aceste depuneri diferite pot proveni din diferite proiecte de secvențiere, diferite tipuri de experimente sau diferite probe biologice. Conflictele de secvență sunt de obicei de origine necunoscută.
Baze de date secvențiale
Baza de date a secvențelor de nucleotide EMBL
Baza de date de secvențe de nucleotide GenBank
DNA Data Bank din Japonia; o bază de date de secvențe de nucleotide
Baza de date a secvenței de proteine a resursei de informații privind proteinele
Secvențe de referință NCBI
Baze de date de adnotare a genomului
Ansamblul proiectului de adnotare a genomului bacterian și arheal
Baza de date a genelor din genomurile NCBI RefSeq
KEGG: Enciclopedia Kyoto a genelor și genomilor
Centrul de integrare a resurselor Pathosystems (PATRIC)
Această secțiune oferă legături către proteine similare cu secvența (secvențele) de proteine descrise în această intrare la diferite niveluri ale pragurilor de identitate a secvenței (100%, 90% și 50%) pe baza apartenenței lor la clusterele de referință UniProt (UniRef).
Proteine similare i
Această secțiune este utilizată pentru a indica informații legate de intrări și găsite în colecții de date, altele decât UniProtKB.
Baze de date secvențiale
Baze de date cu structură 3D
Baze de date proteomice
Baze de date de protocoale și materiale
Depozitul de plasmide DNASU
Baze de date de adnotare a genomului
Baze de date specifice organismelor
Baze de date filogenomice
Baze de date cu enzime și căi
Baze de date de expresie genică
Baze de date familiale și de domenii
ProtoNet; Clasificarea ierarhică automată a proteinelor
MobiDB: o bază de date cu tulburări de proteine și adnotări de mobilitate
Această secțiune oferă informații generale despre intrare.
Informații de intrare i
Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” oferă un identificator mnemonic pentru o intrare UniProtKB, dar nu este un identificator stabil. Fiecărei intrări revizuite i se atribuie un nume de intrare unic la integrarea în UniProtKB/Swiss-Prot.
Această subsecțiune a secțiunii „Informații de intrare” furnizează unul sau mai multe numere de acces. Aceștia sunt identificatori stabili și ar trebui folosiți pentru a citi intrările UniProtKB. După integrarea în UniProtKB, fiecărei intrări i se atribuie un număr unic de accesare, numit „număr de accesare primar (citabil)”.
Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” arată data integrării intrării în UniProtKB, data ultimei actualizări a secvenței și data ultimei modificări de adnotare („Ultima modificare”). De asemenea, sunt afișate numărul versiunii atât pentru intrare, cât și pentru secvența canonică.
Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” indică dacă intrarea a fost adnotată manual și revizuită de curatorii UniProtKB sau nu, cu alte cuvinte, dacă intrarea aparține secțiunii Swiss-Prot din UniProtKB (revizuit) sau la secțiunea TrEMBL adnotată de computer (nerecomandat).
Această secțiune conține orice informații relevante care nu se încadrează în alte secțiuni definite