Firmicutele par a fi corelate cu obezitatea și tulburările metabolice la om și șoareci [91, 92] și sunt probabil influențate de variația genetică a gazdei în gene precum leptina, care, atunci când este crescută, crește dorința de consum de alimente [95].

Termeni asociați:

  • Gen
  • Bacterii violete
  • Actinobacterii
  • Bacteroidete
  • Microbiom
  • Proteine
  • Lactobacillus
  • Bifidobacterium

Descărcați în format PDF

Despre această pagină

Metformin

Rezultate divergente

Cu toate acestea, BFR ca o posibilă identitate taxonomică a fenotipului obez a fost criticat și s-a demonstrat că folosind subiecții Proiectului Microbiomului Uman nu s-au găsit asociații semnificative între BFR și obezitate. Nu s-a constatat nicio semnătură taxonomică alternativă, diversitatea microbiomului și a obezității nu a fost corelată și, atunci când autorii au reanalizat datele din studiile timpurii, au observat că variația BFR a fost mai mult între studii decât intrastudii [29]. .

Interesant este faptul că un studiu de asociere publicat recent la nivel de genom al unui eșantion mare de gemeni a arătat că fenotipul obez a fost asociat cu o diversitate microbiană redusă, iar o creștere a firului Firmicutes a fost corelată cu obezitatea [30]. Autorii ar putea, de asemenea, să reproducă parțial descoperirile altor cohorte de populație. O explicație ar putea fi că microbiomul obez este o consecință a mai multor factori de gazdă (dietă, genetică, vârstă, hormoni) și de mediu (stres, exercițiu, jet lag, stare socială), care ar putea acționa într-un mod unidirecțional sau bidirecțional [30, 31 ] .

Sub-suprafață profundă

Posibila contribuție a endosporilor la biosfera adâncă

Multe Firmicute sunt capabile să formeze spori, etape de repaus care sunt inactive, puternic deshidratate și foarte rezistente la stresul mediului. Sporii conțin suficientă energie pentru germinare și sunt special adaptați pentru a răspunde rapid la disponibilitatea substratului și la formarea unei celule vegetative capabile să se replice. Prin urmare, pot fi capabili să depășească cu ușurință alte organisme după transferul pe mediul microbiologic, explicând izolarea lor repetată de sedimentele subterane. Deoarece nu prezintă metabolism activ și nu necesită energie, se poate aștepta ca acestea să se acumuleze în timpul sedimentelor de înmormântare. Stabilitatea și rezistența sporilor pot ajuta la explicarea absenței bacteriilor care formează spori în studiile moleculare, deoarece sporii posedă un perete celular foarte rigid și nu este clar în ce măsură sunt extrase utilizând proceduri standard.

Ophidia (Șerpi)

Boli bacteriene

Phyla Proteobacteria și Firmicutes conțin bacteriile gram-negative „clasice”, respectiv gram-pozitive. Multe dintre aceste organisme sunt o parte importantă a florei normale, iar contextul este important atunci când se interpretează clinic rezultatele culturii. Cel mai semnificativ membru al Proteobacteriei la șerpi este Salmonella enterica arizonae. Izolatele S. enterica arizonae cu antigene flagelare z4 și z23 au fost documentate pentru a provoca boli semnificative în colecțiile de șerpi la mai multe facilități. Prin urmare, este importantă tastarea flagelară a izolatelor din colecții. Salmonella sp. reprezintă, de asemenea, riscuri zoonotice. Postprandial, Firmicutes crește ca o porțiune a florei GI în pitoni. Unele dintre cele mai relevante taxe clinice includ Streptococcus sp. și Clostridium sp.

Microbiomul și metabolomul în afecțiunile hepatice grase nealcoolice

Microbiom intestinal la pacienții cu NAFLD

Indivizii obezi prezintă predominanța Firmicutes și o proporție relativ mică de Bacteroidete [14]. La modelele animale, acest lucru a fost asociat cu o înclinație la caracteristicile NAFLD, cum ar fi hiperglicemia în post, rezistența la insulină, steatoza hepatică și expresia ridicată a genelor implicate în lipogeneza de novo [16]. La omul cu NASH, compoziția microbiotei pare, de asemenea, să aibă o proporție mai mică de bacteroidete, independent de dieta cu grăsimi ridicate și de IMC.

Prevalența scăzută a bacteroidelor ar putea facilita creșterea altor filuri care sunt mai eficiente în recoltarea energiei din dietă [17]. Într-adevăr, subiecții obezi prezintă mai multe Prevotellaceae care produc H2 și archaea metanogenă care utilizează H2. Coexistența bacteriilor producătoare de H2 cu Archaea care utilizează H2 sugerează că transferul de H2 ar putea crește absorbția de energie de către intestinul gros uman la persoana obeză [18] .

Urmărirea agenților patogeni la producția de păsări și ouă și la abator

Taxonomie

Speciile de Clostridia sunt membre ale diviziei Firmicutes, inclusiv Clostridium și alte genuri similare. Specia cea mai asociată cu producția și prelucrarea alimentelor este C. perfringens; cu toate acestea C. botulinum este un motiv semnificativ de îngrijorare în depozitarea alimentelor. C. perfringens este clasificat într-unul din cele cinci tipuri (A, B, C, D sau E) pe baza producției de toxine a patru toxine extracelulare, alfa, beta epsilon și iota. Aceste toxine extracelulare nu sunt asociate cu otrăvirea alimentară (Meer și colab., 1997; Petit și colab., 1999; Sarker și colab., 2000; Brynestad și Granum, Mai degrabă, o enterotoxină (CPE), produsă de tipurile A și C este responsabil pentru otrăvirea alimentară. Enterotoxina CPE poate fi transportată pe un plasmid sau cromozomial (Cornillot și colab., 1995).

Microbiomul în grefa împotriva bolii gazdei

Concluzii

În timpul aGVHD, abundența Firmicutes și Clostridiales pare să scadă permițând creșterea altor bacterii. Proporțiile enterococului s-au demonstrat, în mai multe studii, că cresc la pacienții cu aGVHD. Totuși, ar trebui să fim atenți la concluziile noastre. În primul rând, s-au făcut observații cu privire la proporțiile relative ale bacteriilor, iar cantitățile absolute pot avea un impact. În al doilea rând, trebuie luați în considerare mulți factori de confuzie, inclusiv antibiotice utilizate, gestionarea alo-HSCT, dieta.

Investigațiile efectuate la șoareci au furnizat elemente importante pentru înțelegerea fiziopatologiei, în special rolul probabil al SCFA. Aceste aspecte urmează să fie explorate acum la oameni. Markerii predictivi ai apariției GVHD și rezultatului clinic sunt, de asemenea, foarte investigați.

FMT-uri care ar restabili microbiota sănătoasă la pacienții cu ecologie intestinală perturbată apar ca un potențial tratament nou. FMT pare să merite explorat chiar dacă ar trebui să fim foarte atenți la pacienții la fel de imunocompromiși ca acești beneficiari de transplant.

Entomopatogeni bacterieni

Juan Luis Jurat-Fuentes, Trevor A. Jackson, în Insecta patologie (ediția a doua), 2012

Entomopatogeni gram-pozitivi: Phylum Firmicutes, clasa Bacili, ordin Bacillales 272

Familia Bacillaceae, genul Bacillus 272

Bacillus cereus (sensu stricto) 274

Bacillus thuringiensis: Caracteristici și clasificare 275

Bacillus thuringiensis Ecologie, biologie și infecție 278

Caracteristici generale ale toxinelor cristaline Bacillus thuringiensis 281

Reglementarea expresiei genelor Cry 282

Structura și clasificarea toxinelor cristaline 283

Structura toxinei cristaline - Funcția 287

Proteinele midgutului care interacționează cu toxinele cristaline și receptorii de toxină 288

Procesul de intoxicație cu cristale 289

Toxine citolitice: descriere, reglementare și clasificare 293

Relația structură - funcție în toxinele citolitice 294

Toxine necristalinoase: proteine ​​insecticide vegetative 295

Alți factori de virulență Bacillus thuringiensis 296

Îmbunătățirea activității 298 a Bacillus thuringiensis

Formulare, sisteme de livrare și îmbunătățiri 298

Siguranța pesticidelor și culturilor Bacillus thuringiensis 300

Familia Bacillaceae, genul Lysinibacillus 301

Toxină binară 302

Toxine cristaline de Bacillus sphaericus 303

Toxinele moschitocide 304

Alte toxine din Bacillus sphaericus 304

Formulare, îmbunătățiri și siguranță 304

Familia Paenibacillaceae 305

Genul Paenibacillus 305

Genul Brevibacillus 307

Alte bacterii entomopatogene din ordinul Bacillales 307

Peretele celular pneumococic

Nicolas Gisch,. Waldemar Vollmer, în Streptococcus Pneumoniae, 2015

Structură de bază PG și modificări

sciencedirect

Figura 8.1. Exemple de muropeptide eliberate din PG în S. pneumoniae.

Sunt prezentate structurile de bază, nemodificate. Un „u” indică faptul că muropeptida nemodificată este prezentă în PG. Modificările găsite pentru fiecare muropeptidă sunt notate sub denumirea lor: Glu, glutamat în loc de glutamină în poziția 2; dAc, glucozamină în loc de N-acetilglucozamină; S, reziduu suplimentar de l-serină la l -Lys; A, reziduu suplimentar de l-alanină la l-Lys; SA, l-serină-l-alanină dipeptidă suplimentară la l-Lys; AA, l -alanină-l-alanină dipeptidă suplimentară la l -Lys; -G, lipsesc N-acetilglucozamina; (AA), l -alanină– l -alanină în loc de l -serină– l -alanină; -GM, lipsesc N-acetilglucozamina - dizaharida acidului N-acetilmuramic. G, N-acetilglucozamină; Acid M, N-acetilmuramic.

N-acetilamino zaharurile din lanțurile glicanului sunt, de asemenea, supuse reacțiilor de modificare. Unele dintre reziduurile GlcNAc sunt deacetilate la glucozamină (GlcN) de către PG deacetilaza PgdA [8]. Multe reziduuri MurNAc devin acetilate la C6-OH de către PG acetiltransferaza Adr, care din motive necunoscute este necesară pentru a exprima o rezistență ridicată la β-lactamă [9]. PG O-acetilarea concurează cu atașarea polizaharidelor WTA și capsulare de fosfotransferazele LCP, care are loc în aceeași poziție a MurNAc [10,11]. Toate aceste modificări și substituenți ai lanțului glicanic contribuie la rezistența celulei la lizozimă, o enzimă gazdă antibacteriană cu preferință de clivaj față de lanțurile glicane PG nemodificate. Prin urmare, aceste modificări sunt abundente în bacteriile patogene care sunt capabile să reziste lizozimei.

Agenți patogeni de origine alimentară și boli zoonotice

Ivan Sugrue,. Colin Hill, în Raw Lapte, 2019

12.6 Formatori de spori: Bacillus și Clostridium spp.

Lactobacillus SPP.: Caracteristici generale ☆

M. De Angelis, M. Gobbetti și Modulul de referință în știința alimentelor, 2016

Taxonomia lui Lactobacillus

Figura 1. Arborele filogenetic care descrie grupuri din familia Lactobacillaceae. Arborele consensului se bazează pe analize de parsimonii maxime ale tuturor secvențelor ARNr 16S complete completate de cel puțin 90% din genurile și/sau speciile descrise. Au fost luate în considerare pozițiile de aliniere care împart reziduuri identice în cel puțin 50% din toate secvențele genurilor descrise. Multifurcațiile indică faptul că o ordine de ramificare comună nu a putut fi determinată în mod semnificativ sau nu a fost susținută, atunci când se efectuează diferite abordări alternative de arbore.

Adaptat după Hammes, W.P., Hertel, C.H., 2006. Genurile Lactobacillus și Carnobacterium. În: Dworkin, M., Falkow, S., Rosenberg, E., Schleifer, K.H., Stackebrandt, E. (Eds.), Prokaryotes, vol. 4. a treia ed. Springer, New York, pp. 320–403.

Tabelul 1. Lista speciilor legate de brânză din genul Lactobacillus și progresul secvențierii genomului până în prezent (august 2016)

Specie a Tipul fermentației glucozei b Habitat/funcție principalPG c Tulpină cu genom identificat Dimensiunea genomului (Mb) Număr de acces la Genbank
Livre. acidofilAAsociat cu oameni și/sau animale; probiotic; D NSLAB dominant în unele brânzeturi (de exemplu, Camembert)deNCFM1,99NC_006814
Livre. brevisCProbiotice; NSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Canestrato Pugliese, Cheddar, Ricotta Forte)tuATCC 3672.34NC_008497
Livre. contabiliCNSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Canestrato Pugliese, Ricotta Forte)buATCC 11577Aproximativ. 2,85In progres
Livre. cazuriBAsociat cu oameni și/sau animale; probiotic; NSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Canestrato Pugliese, Camembert, Cheddar, Grana Padano, Gruyère, Idiazabal, Parmigiano Reggiano, Ricotta Forte, Roncal, Serra de Estrela)CaATCC 3342,89NC_008526
Livre. coriniformeBNSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, brânză de capră, brânză irakiană)tuKCTC 31672,96In progres
Livre. curvatusBNSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Canestrato Pugliese, Cheddar, Fiore Sardo, Fossa, Idiazabal, Montasio, Mozzarella, Pecorino Romano, Pecorino Sardo, Roncal)SaFBA21,85NZ_CP016028.1
Livre. cypricaseiBNSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Idiazabal, Pecorino Toscano, Roncal)FigN/AN/ANA e
Livre. delbrueckii subsp. bulgaricusAProbiotice; starter natural și comercial termofil primar pentru soiurile de brânză italiană (de exemplu, Grana, Pecorino, Mozzarella) și elvețiană (de exemplu, Emmental, Sbrinz, Gruyère); cultura de start pentru laptele fermentatdeATCC 11842 ATCC BAA-3651,86
1,85		NC_008054
NC_008529
Livre. delbrueckii subsp. lactisAProbiotice; starter natural și comercial termofil primar pentru soiurile de brânză italiană (de exemplu, Grana, Pecorino, Mozzarella) și elvețiană (de exemplu, Emmental, Sbrinz, Gruyère); cultura de start pentru laptele fermentatdeATCC 118421,87NC_008054.1
Livre. diolivoreCAsociat cu alimente fermentatebuDSM 144213.26In progres
Livre. fermentumCProbiotice; NSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Comtè, Ragusano)reIFO 39562.09NC_010610
Livre. gasseriAAsociat cu oameni și/sau animale; probioticedeATCC 333231,89NC_008530
Livre. helveticusAProbiotice; starter natural și comercial termofil primar pentru soiurile de brânză italiană (de exemplu, Grana, Pecorino, Mozzarella) și elvețiană (de exemplu, Emmental, Sbrinz, Gruyère)deDPC 45712.08NC_010080
Livre. hilgardiiCNSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Mozzarella)buATCC 8290Aproximativ. 2.6In progres
Livre. johnsoniiAAsociat cu oameni și/sau animale; probioticedeNCC5331,99NC_005362
Livre. kefiranofaciesAAsociat cu alimente fermentate (lapte fermentat)deN/AN/AN/A
Livre. chefirCAsociat cu alimente fermentate (lapte fermentat)buJCM 58182.36In progres
Livre. parabuchneriCNSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Caciocavallo Silano)buNBRC 1078652.31In progres
Livre. paracasei subsp. paracaseiBAsociat cu oameni și/sau animale; probiotic; NSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Arzua, Batzos, Caciocavallo Silano, Caciocavallo Pugliese, Camembert, Canestrato Pugliese Cheddar, Comté, Emmental, Fiore Sardo, Fontina, Fossa, Grana Padano, Kefalotyri, Parmigiano Reggotaos Forcinote, Pecorino Estrela)Ca8700: 2Aproximativ. 2,97In progres
Livre. paracasei subsp. toleranţăBAsociat cu oameni și/sau animale; probiotic; NSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Canestrato Pugliese, Camembert, Cheddar, Grana Padano, Gruyère, Idiazabal, Parmigiano Reggiano, Ricotta Forte, Roncal, Serra de Estrela)CaN/AN/AN/A
Livre. paraplantarumBNSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Batzos)plL-ZS93.14NZ_CP013130.1
Livre. pentosusBNSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Batzos, Canestrato Pugliese, Fiore Sardo, Fossa)plKCA13,43NZ_CM001538.1
Livre. plantarumBAsociat cu oameni și/sau animale; probiotic; NSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Arzua, Caciocavallo Pugliese, Camembert, Canestrato Pugliese, Cheddar, Fontina, Fossa, Kefalotyri, Mahòn, Manchego, Mozzarella, Pecorino Toscano, Roncal, Serra de Estrela)plWCFS13.31NC_004567
Livre. reuteriCAsociat cu oameni și/sau animale; probiotic; NSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, Cheddar, Grana Padano, Gruyére, Idiazabal, Parmigiano Reggiano, Roncal, Toma)reDSM20016 JMC11121,99
2.04		NC_009513;
NC_010609
Livre. rhamnosusBAsociat cu oameni și/sau animale; probioticeCaHN001c.a. 2.4In progres
Livre. sakeiBNSLAB în unele brânzeturi (de exemplu, brânza tradițională iraniană Lighvan)Sa23K1,88NC_007576