Mulți factori modulează asamblarea comunității microbiene în intestinul vertebratelor, deși studiile nu sunt de acord cu privire la contribuția lor relativă. O cauză poate fi dependența de animalele captive, care pot avea microbiomi intestinali foarte diferiți în comparație cu omologii lor sălbatici. Pentru a rezolva acest dezacord, analizăm un set de date microbiom 16 S rRNA distal intestinal de animale nou, mare și foarte divers, care cuprinde 80% animale sălbatice și include membri ai Mammalia, Aves, Reptilia, Amphibia și Actinopterygii. Decuplăm efectele istoriei evoluției gazdei și ale dietei asupra diversității microbiomului intestinal și arătăm că fiecare factor modulează diferite aspecte ale diversității. Mai mult, rezolvăm anumite taxoni microbieni asociați cu filogenia sau dieta gazdă și arătăm că Mammalia are un semnal mai puternic de copilogenie. În cele din urmă, constatăm că filtrarea mediului și interacțiunile microb-microb diferă între cladele gazdă. Aceste descoperiri oferă o evaluare robustă a proceselor de conducere a asamblării comunității microbiene în intestinul vertebratelor.

gazdei